Tapia ha sido figura central en varios escándalos de corrupción, entre ellos el multimillonario caso de Centros Poblados, que afectó directamente al Ministerio de las TIC .
Emilio José Tapia, protagonista de algunos de los mayores escándalos de corrupción en Colombia, fue condenado a 6 años y 4 meses de prisión por su participación en el desfalco del proyecto Centros Poblados.