Por competencia privativa, preferente y prevalente de la JEP, la Sala de Instrucción de la Corte Suprema de Justicia remitió a la justicia transicional la indagación contra los senadores y exguerrilleros Pablo Catatumbo y Julián Gallo (conocido como Carlos Antonio Lozada), por los homicidios de Álvaro Gómez Hurtado, Jesús Antonio Bejarano, Fernando Landazabal Reyes, Pablo Emilio Guarín Vera y José Fedor Rey. Esto significa que pese a ser congresistas, la sala que usualmente investiga a las personas con fuero, no será la encargada de adelantar la investigación por el magnicidio de Gómez.
Durante la retoma al Palacio se cometieron delitos de lesa humanidad: JEP
Álvaro Gómez Hurtado, fue asesinado el 2 de noviembre de 1995 a las afueras de la Universidad Sergio Arboleda, en Bogotá. Esta investigación se originó por una carta con fecha del 3 de octubre de 2020 que publicó el antiguo secretariado de las Farc, reconociendo su responsabilidad en estos homicidios. En su momento, el senador por el partido Comunes, Carlos Antonio Lozada, declaró ante los magistrados de la JEP que cuatro guerrilleros de la Red Urbana Antonio Nariño fueron los encargados de ejecutar el crimen del líder político. El exjefe guerrillero identificó a los homicidas de este caso con los alias de 'Danilo', 'Chanyanne', y 'Fredy', los cuales fallecieron en medio de operativos de comandos de la Policía Nacional. El cuarto supuesto asesino de Álvaro Gómez Hurtado habría sido alias 'Sebastián', de quien aseguró se desconoce su paradero luego de que desertara de esa antigua guerrilla. De igual forma, indicó que tras recibir la orden de la dirección de las Farc, el plan y ejecución del magnicidio de Álvaro Gómez fue acelerado y se hizo efectivo en tan solo un mes. El congresista Lozada aseguró que no constituye un ‘cañazo’ de las Farc asegurar que los cuatro señalados asesinos de Gómez Hurtado estén muertos y desaparecidos. Por el caso, en febrero de 2021, la Fiscalía ordenó la captura de Iván Márquez. Según el ente investigador, “luego de valorar nuevos testimonios conocidos en el último año, la Fiscalía General abrió investigación y ordenó la captura con fines de indagatoria de Iván Luciano Marín Arango, alias Iván Márquez, por su presunta participación en el entramado criminal del que fuera víctima el líder político”.